Abstract
Type 1 diabetes (T1D) is a common autoimmune disorder that arises from the action of multiple genetic and environmental risk factors. We report the findings of a genome-wide association study of T1D, combined in a meta-analysis with two previously published studies. The total sample set included 7,514 cases and 9,045 reference samples. Forty-one distinct genomic locations provided evidence for association with T1D in the meta-analysis (P 10 6). After excluding previously reported associations, we further tested 27 regions in an independent set of 4,267 cases, 4,463 controls and 2,319 affected sib-pair (ASP) families. Of these, 18 regions were replicated (P 0.01; overall P 5 × 10 8) and 4 additional regions provided nominal evidence of replication (P 0.05). The many new candidate genes suggested by these results include IL10, IL19, IL20, GLIS3, CD69 and IL27.
| Original language | English (US) |
|---|---|
| Pages (from-to) | 703-707 |
| Number of pages | 5 |
| Journal | Nature Genetics |
| Volume | 41 |
| Issue number | 6 |
| DOIs | |
| State | Published - Jun 1 2009 |
| Externally published | Yes |
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Genome-wide association study and meta-analysis find that over 40 loci affect risk of type 1 diabetes. / Barrett, J. C.; Clayton, D. G.; Concannon, P.; Akolkar, B.; Cooper, J. D.; Erlich, H. A.; Julier, C.; Morahan, G.; Nerup, J.; Nierras, C.; Plagnol, V.; Pociot, F.; Schuilenburg, H.; Smyth, D. J.; Stevens, H.; Todd, J. A.; Walker, N. M.; Rich, S. S.; Baskerville, T.; Bautista, N.; Bhatia, E.; Bhatia, V.; Bin Hasan, K.; Bonnici, F.; Brodnicki, T.; Cameron, F.; Chaichanwatanakul, K.; Cheung, P. T.; Colman, P.; Cotterill, A.; Couper, J.; Cutfield, R.; Davis, T.; Dixon, P.; Donaghue, K.; Dowling, K.; Drury, P.; Dye, S.; Gellert, S.; Abdul Ghani, R.; Greer, R.; Han, X.; Harrison, L.; Homatopoulos, N.; Ji, L.; Jones, T.; Yin, L. K.; Kamaruddin, N. A.; Kanga, U.; Kanungo, A.; Kaur, G.; Kek, B.; Knowles, S.; Krebs, J.; Kumar, N.; Lee, Y. J.; Li, X.; Liktimaskul, S.; Lloyd, M.; Loth, A.; Louey, A.; Mehra, N.; Merriman, T.; Min, L.; Morahan, G.; Moses, R.; Mraz, G.; Murphy, R.; Nicholson, I.; Panelo, A.; Poh, P.; Price, G.; Ratnam, N.; Sanjeevi, C.; Sedimbi, S.; Shen, S.; Ying, G. S.; Tait, B.; Tandon, N.; Thomas, A.; Varney, M.; Weerakulwattana, P.; Willis, J.; Albret, L.; Ampudia-Blasco, F.; Argente, J.; Babadjanova, G.; Badenhoop, K.; Battelino, T.; Beilhack, G.; Bergholdt, R.; Bingley, P.; Boehm, B.; Bolidson, J.; Brorsson, C.; Carlson, J.; Castano, L.; Chandler, K.; Cinek, O.; Cipponeri, E.; Corripio, R.; Garcia Cuartero, B.; de Leiva, A.; Fagulha, A.; Fernandez Balcells, M.; Guja, C.; Gutierrez, P.; Hatziagelaki, E.; Heath, S.; Helmberg, W.; Hernandez, M.; Holzheu, I.; Hosszufalusi, N.; Ionescu-Tirgoviste, C.; Johannesen, J.; Julier, C.; Kahles, H.; Knip, M.; Kockum, I.; Kojo, E.; Koprivarova, K.; Kordonouri, O.; Kretowski, A.; Krikovszky, D.; Kurkhaus, A.; Lalic, N.; Lavant, E.; Long, A.; Ludvigsson, J.; Madacsy, L.; Marga, M.; Mauricio, D.; Mazurkievicz, G.; Nerup, J.; Novoa Mogollon, F. J.; Petersen, M. T.; Phillip, M.; Pirags, V.; Pociot, F.; Pozzilli, P.; Rappner, R.; Roep, B.; Rokni, S.; Rosinger, S.; Rubio-Cabezas, O.; Ruckgaber, C.; Satman, I.; Schober, E.; Seufert, J.; Sing, R.; Skrha, J.; Sobngwi, E.; Somerville, M.; Spinas, G.; Tilmann, V.; Undlien, D.; Urbanavicius, V.; Van der Auwera, B.; Vasquez San Miguel, F.; Vazeo-Gerasimidi, A.; Velickiene, D.; Wagner, A.; Williams, A.; Wurzburger, M.; Ziegler, A.; Agleham, M.; Aldrich, A.; Alemzadeh, R.; Aly, T.; Arora, S.; Austin, A.; Becker, D.; Benoist, C.; Berka, N.; Bhatia, S.; Bonella, P.; Bottini, N.; Boyle, S.; Brady, B.; Brickman, W.; Christensen, R.; Concannon, P.; Couch, R.; Counts, D.; Crandall, J.; Daniels, M.; Dolan, L.; Donaldson, D.; Doria, A.; Eisenbarth, G.; El-Hajj, R.; Erlich, H.; Fain, P.; Fear, A. L.; Ferry, R.; Fiallo-Scharer, R.; Ghosh, S.; Gitelman, S.; Godwin, M.; Goland, R.; Goodman, N.; Goodwin, G.; Gravely, J.; Greenbaum, C.; Gudgeon, C.; Gunville, F.; Hagopian, W.; Hakonarson, H.; Hansen, J.; Harrington, K.; Hassing, J.; Hilliker, W.; Hoffman, R.; Hulbert, E.; Izquierdo, R.; Jospe, N.; Kaiserman, K.; Kaufman, F.; Kim, S.; Kloos, E.; Kosoy, R.; Lane, J.; Lane, J.; Lawrence, J.; Levetan, C.; Levin, P.; Lipton, R.; Lonsdale, J.; Magnuson, V.; Marks, J.; Mayer-Davis, B.; McEvoy, R.; McIndoe, Richard A; Merkle, L.; Metzger, D.; Miao, D.; Mickelson, E.; Moonsamy, P.; Moore, W.; Moran, A.; Noble, J.; Olsem, G.; Onengut-Gumuscu, S.; Orban, T.; Orlowski, C.; Paterson, A.; Pietropaolo, M.; Pihoker, C.; Polychronakos, C.; Post, J.; Postellon, D.; Pugliese, A.; Qu, H.; Quattrin, T.; Rappaport, M.; Raskin, P.; Risbeck, H.; Rodriguez, H.; Rodriguez, L.; Rogers, M.; Russell, B.; Schatz, D.; Scott, C.; She, Jin-Xiong; Shulman, D.; Soyka, L.; Speiser, P.; Starkman, H.; Steck, A.; Stender, S.; Stratton, L.; Sur, D.; Taback, S.; Thrailkill, K.; Toth, E.; Trymbiski, P.; Tsalikian, E.; Vertachnik, K.; Wahlen, J.; Wang, X.; Weber, S.; Wherrett, D.; Willi, S.; Wilson, D.; Youkey, J.; Young, N.; Yu, L.; Zimmerman, D.; Adlem, E.; Allen, J.; Brown, J.; Burren, O.; Clarke, P.; Clayton, D.; Coleman, G.; Cooper, J.; Cucca, Francesco; Duley, S.; Dunger, D.; Everett, V.; Hardy, M.; Harrison, D.; Harrison, I.; Hawkins, S.; Healy, B.; Hood, S.; Howell, S.; Maisuria, M.; Meadows, W.; Mistry, T.; Nutland, S.; Ovington, N.; Schuilenburg, H.; Simpson, A.; Smink, L.; Stevens, H.; Taylor, N.; Todd, J.; Tuomilehto, J.; Walker, N.; Widmer, B.; Wilson, M.; Withers, H.; Brown, M.; Chen, W. M.; Crews, A.; Griffin, J.; Hall, M.; Harnish, T.; Hepler, J.; Hilner, J.; King, N.; Lohman, K.; Lu, L.; Mychaleckyj, J.; Nail, J.; Perdue, L.; Pierce, J.; Reboussin, D.; Rich, S.; Rushing, S.; Sale, M.; Sides, E.; Snively, B.; Teuschler, H.; Theil, G.; Williams, D.; Akolkar, B.; McKeon, C.; Nierras, C.; Thomson, E.; Altshuler, D.; Au, K.; Bain, S.; Barcellos, L.; Barral, S.; Becker, T.; Briggs, F.; Bronson, P.; Daly, M.; de Bakker, P.; Deloukas, P.; Devlin, B.; Eike, M. C.; Field, L.; Gabriel, S.; Garge, N.; Gaudieri, S.; Goldstein, B.; Gorodezky, C.; Hamon, S.; He, C.; Howson, J.; Humphreys, K.; James, I.; Lathrop, M.; Lie, B. A.; Li, D.; Mack, S.; McGinnis, R.; McKinnon, E.; McLaren, W.; Nolan, D.; Olsson, M.; Ott, J.; Owerbach, D.; Patterson, C.; Podolsky, R.; Ramsay, P.; Rangantah, V.; Risch, N.; Ronningen, K. S.; Shao, X.; Single, R.; Steffes, M.; Thomson, G.; Valdes, A. M.; Vandiedonck, C.; Whittaker, P.; Zhang, Q.
In: Nature Genetics, Vol. 41, No. 6, 01.06.2009, p. 703-707.Research output: Contribution to journal › Article
}
TY - JOUR
T1 - Genome-wide association study and meta-analysis find that over 40 loci affect risk of type 1 diabetes
AU - Barrett, J. C.
AU - Clayton, D. G.
AU - Concannon, P.
AU - Akolkar, B.
AU - Cooper, J. D.
AU - Erlich, H. A.
AU - Julier, C.
AU - Morahan, G.
AU - Nerup, J.
AU - Nierras, C.
AU - Plagnol, V.
AU - Pociot, F.
AU - Schuilenburg, H.
AU - Smyth, D. J.
AU - Stevens, H.
AU - Todd, J. A.
AU - Walker, N. M.
AU - Rich, S. S.
AU - Baskerville, T.
AU - Bautista, N.
AU - Bhatia, E.
AU - Bhatia, V.
AU - Bin Hasan, K.
AU - Bonnici, F.
AU - Brodnicki, T.
AU - Cameron, F.
AU - Chaichanwatanakul, K.
AU - Cheung, P. T.
AU - Colman, P.
AU - Cotterill, A.
AU - Couper, J.
AU - Cutfield, R.
AU - Davis, T.
AU - Dixon, P.
AU - Donaghue, K.
AU - Dowling, K.
AU - Drury, P.
AU - Dye, S.
AU - Gellert, S.
AU - Abdul Ghani, R.
AU - Greer, R.
AU - Han, X.
AU - Harrison, L.
AU - Homatopoulos, N.
AU - Ji, L.
AU - Jones, T.
AU - Yin, L. K.
AU - Kamaruddin, N. A.
AU - Kanga, U.
AU - Kanungo, A.
AU - Kaur, G.
AU - Kek, B.
AU - Knowles, S.
AU - Krebs, J.
AU - Kumar, N.
AU - Lee, Y. J.
AU - Li, X.
AU - Liktimaskul, S.
AU - Lloyd, M.
AU - Loth, A.
AU - Louey, A.
AU - Mehra, N.
AU - Merriman, T.
AU - Min, L.
AU - Morahan, G.
AU - Moses, R.
AU - Mraz, G.
AU - Murphy, R.
AU - Nicholson, I.
AU - Panelo, A.
AU - Poh, P.
AU - Price, G.
AU - Ratnam, N.
AU - Sanjeevi, C.
AU - Sedimbi, S.
AU - Shen, S.
AU - Ying, G. S.
AU - Tait, B.
AU - Tandon, N.
AU - Thomas, A.
AU - Varney, M.
AU - Weerakulwattana, P.
AU - Willis, J.
AU - Albret, L.
AU - Ampudia-Blasco, F.
AU - Argente, J.
AU - Babadjanova, G.
AU - Badenhoop, K.
AU - Battelino, T.
AU - Beilhack, G.
AU - Bergholdt, R.
AU - Bingley, P.
AU - Boehm, B.
AU - Bolidson, J.
AU - Brorsson, C.
AU - Carlson, J.
AU - Castano, L.
AU - Chandler, K.
AU - Cinek, O.
AU - Cipponeri, E.
AU - Corripio, R.
AU - Garcia Cuartero, B.
AU - de Leiva, A.
AU - Fagulha, A.
AU - Fernandez Balcells, M.
AU - Guja, C.
AU - Gutierrez, P.
AU - Hatziagelaki, E.
AU - Heath, S.
AU - Helmberg, W.
AU - Hernandez, M.
AU - Holzheu, I.
AU - Hosszufalusi, N.
AU - Ionescu-Tirgoviste, C.
AU - Johannesen, J.
AU - Julier, C.
AU - Kahles, H.
AU - Knip, M.
AU - Kockum, I.
AU - Kojo, E.
AU - Koprivarova, K.
AU - Kordonouri, O.
AU - Kretowski, A.
AU - Krikovszky, D.
AU - Kurkhaus, A.
AU - Lalic, N.
AU - Lavant, E.
AU - Long, A.
AU - Ludvigsson, J.
AU - Madacsy, L.
AU - Marga, M.
AU - Mauricio, D.
AU - Mazurkievicz, G.
AU - Nerup, J.
AU - Novoa Mogollon, F. J.
AU - Petersen, M. T.
AU - Phillip, M.
AU - Pirags, V.
AU - Pociot, F.
AU - Pozzilli, P.
AU - Rappner, R.
AU - Roep, B.
AU - Rokni, S.
AU - Rosinger, S.
AU - Rubio-Cabezas, O.
AU - Ruckgaber, C.
AU - Satman, I.
AU - Schober, E.
AU - Seufert, J.
AU - Sing, R.
AU - Skrha, J.
AU - Sobngwi, E.
AU - Somerville, M.
AU - Spinas, G.
AU - Tilmann, V.
AU - Undlien, D.
AU - Urbanavicius, V.
AU - Van der Auwera, B.
AU - Vasquez San Miguel, F.
AU - Vazeo-Gerasimidi, A.
AU - Velickiene, D.
AU - Wagner, A.
AU - Williams, A.
AU - Wurzburger, M.
AU - Ziegler, A.
AU - Agleham, M.
AU - Aldrich, A.
AU - Alemzadeh, R.
AU - Aly, T.
AU - Arora, S.
AU - Austin, A.
AU - Becker, D.
AU - Benoist, C.
AU - Berka, N.
AU - Bhatia, S.
AU - Bonella, P.
AU - Bottini, N.
AU - Boyle, S.
AU - Brady, B.
AU - Brickman, W.
AU - Christensen, R.
AU - Concannon, P.
AU - Couch, R.
AU - Counts, D.
AU - Crandall, J.
AU - Daniels, M.
AU - Dolan, L.
AU - Donaldson, D.
AU - Doria, A.
AU - Eisenbarth, G.
AU - El-Hajj, R.
AU - Erlich, H.
AU - Fain, P.
AU - Fear, A. L.
AU - Ferry, R.
AU - Fiallo-Scharer, R.
AU - Ghosh, S.
AU - Gitelman, S.
AU - Godwin, M.
AU - Goland, R.
AU - Goodman, N.
AU - Goodwin, G.
AU - Gravely, J.
AU - Greenbaum, C.
AU - Gudgeon, C.
AU - Gunville, F.
AU - Hagopian, W.
AU - Hakonarson, H.
AU - Hansen, J.
AU - Harrington, K.
AU - Hassing, J.
AU - Hilliker, W.
AU - Hoffman, R.
AU - Hulbert, E.
AU - Izquierdo, R.
AU - Jospe, N.
AU - Kaiserman, K.
AU - Kaufman, F.
AU - Kim, S.
AU - Kloos, E.
AU - Kosoy, R.
AU - Lane, J.
AU - Lane, J.
AU - Lawrence, J.
AU - Levetan, C.
AU - Levin, P.
AU - Lipton, R.
AU - Lonsdale, J.
AU - Magnuson, V.
AU - Marks, J.
AU - Mayer-Davis, B.
AU - McEvoy, R.
AU - McIndoe, Richard A
AU - Merkle, L.
AU - Metzger, D.
AU - Miao, D.
AU - Mickelson, E.
AU - Moonsamy, P.
AU - Moore, W.
AU - Moran, A.
AU - Noble, J.
AU - Olsem, G.
AU - Onengut-Gumuscu, S.
AU - Orban, T.
AU - Orlowski, C.
AU - Paterson, A.
AU - Pietropaolo, M.
AU - Pihoker, C.
AU - Polychronakos, C.
AU - Post, J.
AU - Postellon, D.
AU - Pugliese, A.
AU - Qu, H.
AU - Quattrin, T.
AU - Rappaport, M.
AU - Raskin, P.
AU - Risbeck, H.
AU - Rodriguez, H.
AU - Rodriguez, L.
AU - Rogers, M.
AU - Russell, B.
AU - Schatz, D.
AU - Scott, C.
AU - She, Jin-Xiong
AU - Shulman, D.
AU - Soyka, L.
AU - Speiser, P.
AU - Starkman, H.
AU - Steck, A.
AU - Stender, S.
AU - Stratton, L.
AU - Sur, D.
AU - Taback, S.
AU - Thrailkill, K.
AU - Toth, E.
AU - Trymbiski, P.
AU - Tsalikian, E.
AU - Vertachnik, K.
AU - Wahlen, J.
AU - Wang, X.
AU - Weber, S.
AU - Wherrett, D.
AU - Willi, S.
AU - Wilson, D.
AU - Youkey, J.
AU - Young, N.
AU - Yu, L.
AU - Zimmerman, D.
AU - Adlem, E.
AU - Allen, J.
AU - Brown, J.
AU - Burren, O.
AU - Clarke, P.
AU - Clayton, D.
AU - Coleman, G.
AU - Cooper, J.
AU - Cucca, Francesco
AU - Duley, S.
AU - Dunger, D.
AU - Everett, V.
AU - Hardy, M.
AU - Harrison, D.
AU - Harrison, I.
AU - Hawkins, S.
AU - Healy, B.
AU - Hood, S.
AU - Howell, S.
AU - Maisuria, M.
AU - Meadows, W.
AU - Mistry, T.
AU - Nutland, S.
AU - Ovington, N.
AU - Schuilenburg, H.
AU - Simpson, A.
AU - Smink, L.
AU - Stevens, H.
AU - Taylor, N.
AU - Todd, J.
AU - Tuomilehto, J.
AU - Walker, N.
AU - Widmer, B.
AU - Wilson, M.
AU - Withers, H.
AU - Brown, M.
AU - Chen, W. M.
AU - Crews, A.
AU - Griffin, J.
AU - Hall, M.
AU - Harnish, T.
AU - Hepler, J.
AU - Hilner, J.
AU - King, N.
AU - Lohman, K.
AU - Lu, L.
AU - Mychaleckyj, J.
AU - Nail, J.
AU - Perdue, L.
AU - Pierce, J.
AU - Reboussin, D.
AU - Rich, S.
AU - Rushing, S.
AU - Sale, M.
AU - Sides, E.
AU - Snively, B.
AU - Teuschler, H.
AU - Theil, G.
AU - Williams, D.
AU - Akolkar, B.
AU - McKeon, C.
AU - Nierras, C.
AU - Thomson, E.
AU - Altshuler, D.
AU - Au, K.
AU - Bain, S.
AU - Barcellos, L.
AU - Barral, S.
AU - Becker, T.
AU - Briggs, F.
AU - Bronson, P.
AU - Daly, M.
AU - de Bakker, P.
AU - Deloukas, P.
AU - Devlin, B.
AU - Eike, M. C.
AU - Field, L.
AU - Gabriel, S.
AU - Garge, N.
AU - Gaudieri, S.
AU - Goldstein, B.
AU - Gorodezky, C.
AU - Hamon, S.
AU - He, C.
AU - Howson, J.
AU - Humphreys, K.
AU - James, I.
AU - Lathrop, M.
AU - Lie, B. A.
AU - Li, D.
AU - Mack, S.
AU - McGinnis, R.
AU - McKinnon, E.
AU - McLaren, W.
AU - Nolan, D.
AU - Olsson, M.
AU - Ott, J.
AU - Owerbach, D.
AU - Patterson, C.
AU - Podolsky, R.
AU - Ramsay, P.
AU - Rangantah, V.
AU - Risch, N.
AU - Ronningen, K. S.
AU - Shao, X.
AU - Single, R.
AU - Steffes, M.
AU - Thomson, G.
AU - Valdes, A. M.
AU - Vandiedonck, C.
AU - Whittaker, P.
AU - Zhang, Q.
PY - 2009/6/1
Y1 - 2009/6/1
N2 - Type 1 diabetes (T1D) is a common autoimmune disorder that arises from the action of multiple genetic and environmental risk factors. We report the findings of a genome-wide association study of T1D, combined in a meta-analysis with two previously published studies. The total sample set included 7,514 cases and 9,045 reference samples. Forty-one distinct genomic locations provided evidence for association with T1D in the meta-analysis (P 10 6). After excluding previously reported associations, we further tested 27 regions in an independent set of 4,267 cases, 4,463 controls and 2,319 affected sib-pair (ASP) families. Of these, 18 regions were replicated (P 0.01; overall P 5 × 10 8) and 4 additional regions provided nominal evidence of replication (P 0.05). The many new candidate genes suggested by these results include IL10, IL19, IL20, GLIS3, CD69 and IL27.
AB - Type 1 diabetes (T1D) is a common autoimmune disorder that arises from the action of multiple genetic and environmental risk factors. We report the findings of a genome-wide association study of T1D, combined in a meta-analysis with two previously published studies. The total sample set included 7,514 cases and 9,045 reference samples. Forty-one distinct genomic locations provided evidence for association with T1D in the meta-analysis (P 10 6). After excluding previously reported associations, we further tested 27 regions in an independent set of 4,267 cases, 4,463 controls and 2,319 affected sib-pair (ASP) families. Of these, 18 regions were replicated (P 0.01; overall P 5 × 10 8) and 4 additional regions provided nominal evidence of replication (P 0.05). The many new candidate genes suggested by these results include IL10, IL19, IL20, GLIS3, CD69 and IL27.
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=67349199566&partnerID=8YFLogxK
UR - http://www.scopus.com/inward/citedby.url?scp=67349199566&partnerID=8YFLogxK
U2 - 10.1038/ng.381
DO - 10.1038/ng.381
M3 - Article
C2 - 19430480
AN - SCOPUS:67349199566
VL - 41
SP - 703
EP - 707
JO - Nature Genetics
JF - Nature Genetics
SN - 1061-4036
IS - 6
ER -